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指目標微生物（有效菌）經過工業化生產擴繁后加工制成的活菌制劑。它具有直接或間接改良土壤、恢復地力，維持根際微生物區系平衡，降解有毒、有害物質的作用；應用于農業生產，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分吸的供應量或促進植物生長、改善農產品品質及農業生態環境。
●生物有機肥
指特定功能微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源并經無害化處理、腐熟的有機肥料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。
●復合微生物肥料

對應的標準是《復合微生物肥料NY/T 798—2015》
復合微生物肥料是指特定微生物與大量元素營養物質和有機質三元復合而成，能提供、保持或改善植物營養，提高農產品產量或改善農產品品質的活體微生物制品。復合微生物是當下最實用的三元生物肥料。··········
①有機質含量：有機肥有機質含量要求（≥45%）生物有機肥有機質要求（≥40%）其都對有機質的含量做了明確的規定，而微生物菌劑則沒有明確規定。
②有效活菌數：生物有機肥（2000萬個/克）和微生物菌劑對有效活菌數做了明確規定，微生物菌劑的數量要求更高，而有機肥因為生產過程中沒有特別要求添加功能微生物，故沒有要求。
③有效期：生物有機肥和微生物菌劑規定了明確的有效期，主要原因是產品中添加的功能微生物具有特定的有效時間，如果微生物失活，將不具備或降低相應產品具有的功能和效果。
四種肥料的主要功能側重點不一樣
①有機肥側重增加土壤有機質，改善土壤肥力；
②微生物菌劑側重的是微生物，本身并不具備或者具備少量營養成分，且主要用于作為微生物的載體，主要通過依靠微生物的生理代謝活動，促進土壤中有機肥、化肥、礦物質養分的釋放，微生物的次生代謝物含有較多的氨基酸、激素類等物質，可以有效地改善作物的品質，提高作物的抗性，同時還可以抑制土壤中有害菌的滋生，調節土壤理化性質。
③生物有機肥是兼具微生物肥料和有機肥效應的產品，既含有功能微生物，也含有一定量的有機質及營養物質。
④復合微生物肥料真正實現1+1+1大于3，是兼具微生物肥料和有機肥再加無機肥效應的產品，既含有功能微生物，也含有一定量的有機質和無機養分。